Obat-obatan yang biasanya digunakan pada khitanan adalah obat golongan antibiotik, analgetik-antipiretik, antiseptik, anti-inflamasi, dan obat anestesi. Obat yang termasuk golongan-golongan diatas adalah :

1) Antibiotik

Antibiotik adalah obat yang digunakan untuk membunuh atau menghambat pertumbuhan bakteri. Obat yang biasa digunakan dari jenis ini adalah amoxicilin, obat ini merupakan derivat penisilin dengan spektrum luas. Obat ini relatif murah untuk ukuran orang indnesia karena amoxicilinmerupakan obat generik yang bekerja dengan cara menghambat sintesa dinding sel bakteri.

Seperti antibiotik lainnya ada beberapa orang yang alergi dengan obat ini, untuk menghindari efek alergi yang lebih parah, segera hentikan pemakaian obat bila ditemukan adanya reaksi alergi : gatal-gatal seperti kaligata, daerah yang gatal terasa panas. Dosis pemakaiannya adalah 250-500 mg/hari setiap 8 jam, sedangkan pada anak 30-50 mg/kgBB/haridalam dosis terbagi tiap 8 jam.

2) Analgetik-antipiretik

Obat ini sebenarnya terdiri dari 2 golongan, yaitu analgetik untuk pengurang rasa nyeri dan antipiretik untuk penurun panas. Obat yang biasa digunakan adalah obat paracetamol. Dosis untuk dewasa adalah 500-1000 mg setiap 6 jam. Untuk anak usia 6-12 tahun 125-250 mg 3-4x/hari. Untuk anak dibawah usia 6 tahun diberikan dalam sediaan sirup (125 mg/5ml) dengan dosis :

a). Bayi

b). 1-3 tahun : ½ – 1 sendok teh/hari

c). 3-5 tahun : 1 ½ sendok teh, 3-4x/hari

3) Antiseptik

Prinsip utama dari obat jenis ini adalah dengan membunuh bakteri-bakteri yang berada di luar tubuh manusia seperti kulit dan jaringan hidup, untuk mencegah infeksi, sepsis, atau pembusukan. Obat yang umum digunakan adalah larutanpovidone-iodine (Betadhine^®). Akan tetapi penggunaaan bethadine untuk perawatan luka belakangan ini sudah mulai dipertanyakan.

Menurut penelitian yang dilakukan secara in vitro oleh Van Den Broek, menunjukan bahwa larutan povidone Iodine yang mempunyai kadar lebih dari 0,05% bersifat toxic pada granulosit, dan bersifat toxic pada beberapa monositpada larutan dengan kadar lebih dari 0,05%. Tatnall menemukan bahwa konsentrasi Povidone Iodine lebih dari 0,004% bersifat 100% toxic padakeratinosit. Sedangkan Lineweaver mengemukakan bahwa konsentrasi Povidone Iodine yang aman untuk fibroblast adalah 0,05%. Hasil dari beberapa penelitian di atas menunjukan bahwa walaupun dilarutkan dalam konsentrasi yang paling rendah sekalipun larutan Povidone Iodine bersifat Toxic pada semua jenis sel yang essensial pada proses penyembuhan luka (PtJournal.org)

4) Anti-inflamasi (anti Peradangan)

Untuk anti-inflamasi yang umum digunakan adalah CTM.

5) Obat anestesi (obat bius/baal)

Anestesi yang digunakan pada khitan umumnya adalah dengan anestesi lokal, akan tetapi dibeberapa negara ada juga yang menggunakan anestesi umum.

Obat anestesi yang umum digunakan adalah dari golongan amino amida. Lidocain/pehacaine merupakan yang paling sering digunakan dari semua obat-obatan jenis amino amida karena obat ini mempunyai masa kerja yang lama (karena adanya adrenalin) dan rekasi yang cepat. Konsentrasi yang sering dipakai adalah lidocain HCl 2%.